Sekolah Menengah Pekan Baru Muar telah bermula sebagai Sekolah Menengah Rendah Pekan Baru Muar pada tahun 1973. Nama sekolah ini mengambil sempena nama pekan kecil yang berhampiran iaitu Pekan Baru Parit Yusof, Muar. Pada tahun 1973, sekolah ini mengandungi hanya tiga blok bangunan termasuk sebuah bengkel Kemahiran Hidup. Pada tahun 1973, bilangan pelajar adalah seramai 180 orang dan guru pula seramai 7 orang.
Sekolah ini telah dirasmikan oleh Yang Berhormat Saudara Anwar Ibrahim, Menteri Pendidikan Malaysia pada 21 Oktober 1986. Yang Berhormat Saudara Anwar Ibrahim yang begitu prihatin telah bersetuju memberikan peruntukan sebanyak RM 50 000 ketika merasmikan sekolah bagi membina surau untuk menampung pelajar yang semakin ramai untuk mendirikan solat dan menjalankan kegiatan-kegiatan agama.pada tahun 1986,Tingkatan 4 mula diwujudkan dengan dua aliran iaitu Aliran Sastera dan Aliran Perdagangan. Mulai tahun tersebut, pelajar-pelajar yang terpilih ke Aliran Sains sahaja yang terpaksa bertukar ke sekolah lain iaitu ke SMK Semerah atau SMK Seri Menanti. Pertama kalinya pelajar-pelajar Aliran Sastera mengambil peperiksaan SPM pada tahun 1987.
Seterusnya pada tahun 1989, sebuah bangunan dua tingkat dan sebuah bangunan tiga tingkat yang dilengkapi dengan Makmal Sains Tulen telah siap dibina seiring dengan perkembangan penduduk dan pembangunan yang pesat. Dengan semangat kerjasama penduduk Pekan Baru dan guru-guru sekolah ini, sebuah bangunan gotong-royong yang mengandungi 4 bilik darjah telah siap dibina pada tahun 1989 dan digunakan pada tahun 1990.
Pejabat Pendidikan Daerah Muar pula telah mendirikan sebuah bilik kebal di sekolah ini pada tahun 1992 dan mula beroperasi pada bulan Jun 1993 untuk menyimpan kertas-kertas soalan UPSR.
Pada tahun 1993 pula, sekali lagi sekolah ini mengorak langkah dengan memperkenalkan Aliran Sains kepada pelajar-pelajar Tingkatan 4. hasilnya wujudlah kelas Tingkatan 4 Sains Tulen yang pelajarnya berjumlah 14 orang. Pertama kali pelajar Aliran Sains menduduki peperiksaan SPM ialah pada tahun 1994 dan seramai 10 orang orang mendapat pangkat 1.
Sekolah ini dinaik taraf kepada Sekolah Menengah Gred A pada tahun 1994. Perpaduan antara guru-guru, kakitangan dan pelajar-pelajar, sebuah astaka telah dibina secara gotong-royong.
Pada tahun 1996, Kementerian Pendidikan telah menawarkan Mata Pelajaran Reka Cipta kepada pelajar-pelajar Tingkatan 4. Makmal Komputer dibina dengan mengubahsuai satu bilik darjah.
Mulai tahun 1998, nama lengkap sekolah ini ialah Sekolah Menengah Kebangsaan Pekan Baru Muar dan Kelas Literasi Komputer bagi Tingkatan 1 telah dimulakan.
Pada tahun 1999, pihak PPD telah mengarahkan sekolah membuka kelas Tingkatan Enam memandangkan ramai pelajar yang layak ke Tingkatan Enam terpaksa ke SMK Tengku mahkota, SMK Sultan Abu Bakar dan SMK Dato’ Seri Amar. Kemudian, pelajar-pelajar memohon bertukar ke SMK Semerah Batu Pahat kerana berhampiran tempat kediaman.
Pada tahun 1999, Kelas Pendidikan Khas Masalah Pembelajaran telah ditubuhkan dan pada mulanya terpaksa menggunakan bilik stor sebagai kelas.
Pada tahun 2000, pihak kerajaan telah mengubahsuai satu bilik darjah dan menjadikannya kelas Pendidikan Khas. Pada mulanya, hanya 6 orang pelajar ditempatkan di sekolah ini dan pada tahun 2002, Kelas Pendidikan Khas bertambah kepada 3 kelas terdiri daripada 16 orang pelajar dengan jumlah guru seramai 3 orang.
Sehingga tahun 2002, bilangan pelajarnya telah mencapai kepada 1266 orang yang terdiri daripada 594 orang pelajar lelaki dan 672 orang pelajar perempuan dan gurunya terdiri daripada 50 orang guru siswazah dan 21 orang guru bukan siswazah. Di samping itu, pengurusan sekolah turut dibantu oleh 2 orang kerani, seorang jurutaip, 4 orang PAR, seorang jaga dan 3 orang pembantu makmal.
Pada tahun 2002, sekolah ditawarkan oleh Kementerian Pendidikan bagi Mata Pelajaran Vokasional (MPV) seperti berikiut:
i) Katering dan Penyajian
ii) Nurseri dan Landskap
Pada tahun 2003, pembinaan tiga blok bangunan baru telah dilaksanakan oleh pihak Kementerian untuk menampung keperluan sekolah yang semakin mendesak. Hasilnya, bangunan-bangunan tersebut telah dapat diguan pakai pada awal tahun 2004. Bangunan A terdiri daripada bilik-bilik pentadbiran dan bangunan B terdiri daripada bilik-bilik pembelajaran dan bangunan C untuk Makmal Sains dan Kemahiran Hidup. Dengan terbinanya bangunan-bangunan ini telah dapat membantu pihak sekolah menyelesaikan masalah kekurangan bilik darjah bagi menampung kepadatan bilangan pelajar yang bertambah pada setiap tahun. Sehingga tahun 2008, pelajar sekolah ini berjumlah 1281 orang yang terdiri daripada 651 orang pelajar lelaki dan 630 pelajar perempuan merangkumi pelajar tingkatan 1 hingga tingkatan 6 atas.
Semenjak sekolah ini ditubuhkan, terdapat 7 orang pengetua yang menerajui pentadbiran sekolah ini iaitu:
TAHUN
NAMA
1973-1980
Tn. Hj. ismail Bin Kasah
1980-1991
Tn. Hj. Rahmat Bin Daiman
1991-1994
Tn. Hj. Jaafar Bin Mohd Top
1994-1998
Tn. Hj. Hussein Bin Ismail
1998-2006
Pn. Hjh. Mohayah Bt Hj. Nor
2007-2009
Pn. Hjh. Khamidah Bt Zainal
2009
Pn. Hjh. Nowiah Bt Selamat
Pada tahun 2009, guru sekolah ini ialah seramai 113. pengurusan sekolah turut dibantu oleh seramai 19 orang staf sokongan. Jumlah murid pula ialah seramai 1338 orang.
